თავადის ასული ანნა ამილახვარი (მომავალში მონასტრის წინამძღვარი, იღუმენია ნინო) სამთავროში იმ დროს მივიდა, როდესაც საქართველოში თითქმის ყველა ეკლესია-მონასტერი დახურული იყო. სამთავროს  მონასტერი ოფიციალურად ჯერ კიდევ არ იყო გაფორმებული, ხოლო საეკლესიო ქონება - განიავებული. თითქმის ორმოცწლიანი მმართველობის განმავლობაში ნინო ამილახვარმა შეძლო სამთავრო ექცია საქართველოს დედა-მონასტრად, მისი წინამძღვრობის პერიოდი კი, მონასტრის ისტორიაში ”ოქროს ხანად”  შერაცხულიყო. 

ნინო ამილახვრის ცხოვრება ადრეულ წლებშივე მჭიდროდ დაუკავშირდა მონასტერს. იგი დაიბადა 1815 წლის 26 იანვარს ქალაქ გორის სოფელ საამილახვრო ჭალაში. ადრე დაობლებულის აღზრდა მამიდამ, მცხეთის წმიდა ნინოს დედათა მონასტრის წინამძღვარმა ნინო ამილახვარმა ითავა. დედა ნინომ  პატარა ანას მონასტერში საღმრთო წერილი შეასწავლა, მონასტრულად გაზარდა.  ანა ამილახვარი მამიდის გარდაცვალების (1839 წლის 11 თებერვალი) შემდეგაც არ განშორებია მონასტერს; იგი აგრძელებდა მონოზვნებისთვის წმინდა წერილისა და ხელსაქმის შესწავლას და როგორც ერთ–ერთი საისტორიო წყარო მოგვითხრობს, "მონოზვნებმაც ძალიან შეიყვარეს იგი, რადგან ანა ამილახვარი იყო მათი დამრიგებელი და ხელმძღვანელი ჭირში და ლხინში, მაგალითი კეთილმსახურებისა, სიმშვიდისა და გამწვრთნელ–განმანათლებელი მათი გონებისა".

მაღალი ზნეობითა და სათნოებებით გამორჩეული ანა ამლახვარი 40 წლის ასაკში (1855 წლის 19 ივნისს) აღიკვეცა მონოზვნად სამთავროს წმიდა ნინოს დედათა მონასტერში, ნინოს სახელით. როდესაც  ეგზარქოსმა იგი  ერთ–ერთ დასთან ერთად შტატში აიყვანა,  ნინო ამილახვარმა მადლობა გადაუხადა ყურადღებისთვის, ხელფასზე კი თავაზიანი უარი თქვა: ”...ნიადაგ თითქმის შეპყრობილ უძლურებითა, არ ძალმიძს აღსრულება მონასტრულის სამსახურისა თანასწორ სხვათა დათა თანა. ამა მიზეზით  სინდისი არ მაძლევს ნებას განცხადებად თანხმობისა მიღებასა ზედა მასსა”. 

იღუმენია ნინო სამთავროს მონასტრის რიგით მეოთხე წინამძღვარი (დადგინდა 1863 წლიდან) და მესამე იღუმენია იყო. ისევე როგორც მისი წინამორბედნი, იღუმენია ნინოც დიდად ზრუნავდა მონასტრის აღდგენა–გამშვენებისთვის. მის მიერ  განახლდა ”მაყვლოვანში” წმიდა ნინოს მინიატურული ეკლესია, აიგო წმინდა ნინოს გუმბათიანი ტაძარი, აშენდა კარიბჭე. გაპარტახებული მონასტრის აღსადგენად  ვის აღარ უხმობდა წინამძღვარი. ერთ-ერთი მინისტრისადმი მიწერილ წერილში, იგი ბრძნულად მოუწოდებს მთავრობას კულტურული სიწმინდეების გადასარჩენად: ”მონასტერი არის არა მარტო ქართველ მონოზონთა თავშესაფარი-სავანე, არამედ ისტორიული და არქეოლოგიური ძეგლი ქართველი ერის ქრისტიანიზაციისა და ამიტომ მისი სათანადო მოვლა და დაცვა უნდა შეადგენდეს არა მხოლოდ წმიდა სარწმუნოებრივ საქმეს.  ქართველი ერის წარსულის დიდებული სახელით კიდევ მოგმართავთ, დაიცავით ეს ისტორიული ღვაწლშემოსილი შესანიშნავი არქეოლოგიური ნაშთი. ნუ დაუშვებთ, რომ ადგილი, სადაც 1600 წლის წინათ ქართველთ განმანათლებელმა წმიდა ნინომ პირველად დადვა კერა მაყვლის ბუჩქნარში, რომლიდანაც შემდეგ მოეფინა ქრისტიანობის ნათელი უკუნეთში მყოფ საქართველოს, გადაიქცეს ძღარბთა და ქვემძრომთა საყოფელად”.

იღუმენია ნინო ამილახვრის წინამძღვრობის პერიოდში მონასტერში განსაკუთრებით მოწესრიგებული იყო საფინანსო-ეკონომიკური საქმიანობა. სამონასტრო წესრიგის დამყარებისა და სამთავროში სამონასტრო ცხოვრების აღმავლობაზე ზრუნვისათვის უწმიდესმა სინოდმა ნინო ამილახვარი ოქროსჯვრიანი ბეჭდით დააჯილდოვა; 1865 წელს კი იღუმენიას ხარისხი ებოძა. ორი ჯვრის მატარებელი იღუმენია ნინო ამილახვარი თავისი დროის ტიტულოვანი დედაა დაჯილდოვებული ძვირფასი თვლებით შემკული კაბინეტის ჯვრით; 1883 წელს კი, ომში დაჭრილებისადმი გაწეული მზრუნველობისათვის - წითელი ჯვრით.  იღუმენია ნინო ამილახვარი საქართველოს დიდი და სახელოვანი დედების საქმის ღირსეული გამგრძელებელია.

იღუმენია ნინოს ღვაწლი მხოლოდ სამთავროს დედათა მონასტერზე ზრუნვით არ ამოიწურება. მონასტრის წინამძღვარმა სამაგალითოდ შეუთავსა ერთმანეთს მკაცრი მონოზვნური ყოფა და საზოგადოებრივი საქმიანობა ეკლესიისა და მამულის სასიკეთოდ; ამის ნათელი დასტურია მის მიერ დაარსებული სასწავლებელი. იღუმენია ნინოს მეცადინეობითა და რუსეთის უწმიდესი სინოდის ბრძანებით, 1866 წლის 20 იანვარს  სამთავროს დედათა მონასტერში სასულიერო წოდების გოგონათა სასწავლებელი გაიხსნა. მოგვიანებით, მცხეთიდან დედათა სასწავლებელი გადაიტანეს, წინამძღვარმა კი მის ნაცვლად მონასტერში დედათა სკოლა დაარსა.

სასწავლებელმა სამაგალითო წესრიგით იმთავითვე მიიქცია საზოგადოების ყურადღება. ”ბევრ ქართველ ქალს მიეცა ამ მონასტრის ქალთა სასწავლებელში ნამდვილი ქრისტიანული აღზრდა, დარბაისლური მიმართულება, რიგიანი განათლება, ცოდნა მშვენიერი ხელსაქმისა და მოუმზადა ჩვენს ქვეყანას შეგნებულნი მშობელნი, ჭეშმარიტნი დედანი”, - ბრძანებს იაკობ გოგებაშვილი სამთავროს სკოლის შესახებ. სასწავლებელში საქართველოს მომავალი დედები ეუფლებოდნენ: საღვთო სჯულს, ეკლესიის ისტორიას, საქართველოსა (ვრცლად) და რუსეთის (მოკლედ) ისტორიასა და გეოგრაფიას, ქართულ და სლავურ საეკლესიო გალობას, ხელსაქმეს, -  ყველაფერს, რაც მათ ეროვნული თვითშეგნების ჩამოყალიბებაში დაეხმარებოდათ.

სამთავროს დედათა მონასტრის სახელოვანი წინამძღვარი დაკრძალულია სამთავროს ”მაყვლოვანში”.